Japonsko sa člení na 47 prefektúr (jap. ken), z toho Honšú 34, Kjúšú 8 (vrátane Okinawy), Šikoku 4 a Hokkaidó 1.
Prefektúry sa ďalej členia na dištrikty a samosprávne okresy (municipality). Z hľadiska samosprávy majú subjektivitu prefektúry a municipality, čiže miestna samospráva je v japonsku dvojstupňová. Prefektúry Hokkaidó, Nagasaki a Okinawa sú členené na subprefektúry, prvá z nich z dôvodu rozľahlosti, zvyšné dve z dôvodu roztrieštenosti na malé ostrovy.