Napriek vysokej hustote osídlenia vysoká lesnatosť (69%), v Európe porovnateľná len so škandinávskymi krajinami. Lesy na Hokkaidó ihličnaté typu tajgy, na Honšú listnaté alebo zmiešané lesy mierneho pásma, na Kjúšú a Šikoku vždyzelené subtropické lesy, na juhu (Rjúkjú) tropické rastlinstvo. Dobre vyvinutá vegetačná stupňovitosť, nad pásmom lesa alpínske lúky, vrchol Fudži-san takmer po celý rok pokrytý snehom. Pôdy rozmanité od lateritov na juhu až po podzoly na severe. Časté sú vulkanické pôdy - andosoly - ktorých japonský názov sa používa v pôdnych systematikách celého sveta (an-do znamená čierna pôda).
Vďaka veľkému rozpätiu zemepisnej šírky, veľkým výškovým rozdielom a ostrovnej polohe sa Japonsko vyznačuje vysokou biodiverzitou, značne vyššou než u európskych krajín s porovnateľnou rozlohou. Vyskytuje sa tu napr. 5,565 druhov vyšších rastlín, 90 druhov cicavcov alebo 63 druhov plazov. Relatívne vysoký je počet endemických druhov - ostrovy Rjúkú a Ogawara si dokonca vyslúžli názov Galapágy východu. (zdroj: Ministry of Environment)
Živočíšstvo podobné priľahlým častiam Ázie, vďaka izolácii ostrovov od pevniny viacero endemitov:
- Felis iriomotensis - najvzácnejšia mačka na svete, žije len na ostrove Iriomote (najjužnejší ostrov súostrovia Rjúkú), objavená až v roku 1964
- veľmlok japonský, Megalobatrachus maximus - najväčší obojživelník na svete (až 1,5 m)
- jazvec japonský, Meles meles anakuma
- japonská snežná opica, Macaca fuscata - najsevernejšie žijúca opica na svete, v zime schopná vydržať až -15o C
- vydra japonská, Lutra nippon - často považovaná len za podruh vydry riečnej (Lutra lutra nippon), v japonsku patrí medzi ohrozené druhy, prežíva na ostrove Šikoku
- serau japonský, Capricornis crispus crispus (syn. Nemorhaedus crispus) - endemický druh kozovitej antilopy žijúcej v hustých lesoch v horách nad 1000 m spolu so svojimi príbuznými -goralmi. Japonský druh je omnoho menší ako druhý zástupca tohto rodu žijúci na kontinente. V súčasnosti je pomerne hojný a spôsobuje škody na porastoch
- soboľ východný cušimský Martes melampus tsuensis - podruh soboľa východného z ostrova Cušima zaradený na červený zoznam IUCN (v Japonsku žije aj nominatívny podruh soboľa východného nazývaný aj kuna japonská, ktorý je však rozšírený aj na kontinente)
- kaloň medvedí, Pteropus pselaphon - "lietajúca líška z Okinawy", veľký endemický druh netopiera, ohrozený druh
Ďalšie vzácne druhy:
- žeriav čiernobiely, Grus japoniensis - jeden zo symbolov Japonska, dnes prežíva najmä na Hokkaidó
- japonka červenozobá (ibis červenozobý), Nipponia nippon - napriek úplne "japonskému" názvu zaberal areál tohto druhu okrem Japonska aj časti Číny, Ruska a Kórey. Dnes je to jeden z najohrozenejších druhov vtákov, ktorého celková populácia v r. 1999 bola len 200 kusov.
Charakteristické druhy: medveď hnedý (Ursus arctos yesoensis) žijúci na ostrove Hokkaidó, medveď himalájsky japonský (Ursus thibetanus japonicus) - menší druh "čierneho medveďa" žijúci na ostatných ostrovoch
Rastlinstvo sa vyznačuje veľkým podielom endemitov (u vyšších rstlín až 35%, z toho 2 endemické čeľade a 20 rodov)
V súčasnosti vysoká hustota osídlenia spôsobuje ohrozenie viacerých druhov alebo ich biotopov.
Prírodné rezervácie: sieť 27 národných parkov zaberajúcich cca 5% rozlohy štátu pokrýva prakticky všetky významné biotopy vyskytujúce sa v Japonsku ďalšie tzv. pseudonárodné parky sú vyhlasované prefektúrami.
www.nissubashi.org